In Groß Britannien wird der Hellfire Club gegründet von einer Handvoll Adeliger und reicher Familien.

Magneto wird im Konzentrationslager Auschwitz von seiner Familie getrennt und zeigt zum ersten Mal seine Kräfte. Sebastian Shaw nimmt ihn daraufhin auf und experimentiert mit Folter und anderen grausamen Methoden daran, diese weiter zu entwickeln und zu verstehen.

Sebastian Shaw übernimmt den Hellfire Club und tötet den Inner Circle fast vollständig, um den Club im Sinne reicher Mutanten anzuführen. Im Laufe der nächsten Wochen werden in sämtlichen Zweigen des Clubs in aller Welt, auch in New York, die Menschen in den Führungspositionen getötet und von reichen Mutanten ersetzt.

Andreas & Andrea Von Strucker verstecken sich in London und üben eine Reihe terroristischer Attentate aus.

Andreas & Andrea Von Strucker üben eine Reihe Anschläge in Rio de Janeiro aus und sterben schlussendlich in Rio.

William Stryker sendet seinen Sohn Jason zu Xaviers School for Gifted Youngsters in der Hoffnung, dass dort seine Mutation geheilt wird und er wieder nach Hause zurückkehren kann. Stattdessen wird ihm gezeigt damit umzugehen und es zu akzeptieren, was seinen Vater dazu bringt ihn wütend wieder nach Hause zu holen.
Gefangen in den eigenen vier Wänden und weg von dem einzigen Platz, wo er sich akzeptiert fühlte, beginnt Jason vor lauter Hass und Wut seine eigenen Eltern mit seinen Fähigkeiten zu foltern. William, durch seine Arbeit kaum zu Hause, kommt zu spät um seine Frau zu retten, die sich selbst auf horrorhafte Art das Leben nimmt, konnte sie die furchtbaren Illusionen und Bilder in ihrem Kopf nicht mehr ertragen.
William Stryker schließt seinen Sohn in seinem eigenen, privaten Komplex weg und ist nun in seinem Hass für Mutanten und Charles Xavier nur noch mehr gefestigt.

Adamantium wird in Wolverines Körper integriert und legt sich bei dem experimentellen Versuch um sein gesamtes Skelett, so wie Stryker es wollte. Der Versuch, ihn unter Kontrolle zu bringen, scheitert.

Otto Von Strucker bemerkt die ersten Anzeichen einer Mutation in seinem Sohn Reed und beginnt mit der Hilfe von Madeline Garber ein Serum zu entwickeln, Reeds X-Gen zu unterdrücken oder gar komplett auszurotten. Dabei wird Reed so krank, das er beinahe stirbt und seinen Vater dazu veranlasst, die Experimente und Forschung komplett einzustellen.

Charles Xavier und Magneto besuchen Jean Grey und ihre Eltern, um sie davon zu überzeugen ihrer Schule beizutreten. Dabei bemerken sie, dass Jean weitaus stärker und gefährlicher ist, als sie anfangs dachten.

Trask Industries in Zusammenarbeit mit dem FBI erklären, dass sie die Möglichkeit haben, anhand hinterlassener DNA festzustellen, ob ein Täter Mutant war oder nicht. Trask Industries nutzt dieses Wissen, um nebenbei eine private Mutant Database für sich anzulegen.

*Senator Robert Kelly versucht den “Mutant Registration Act” im Kongress durchzusetzen und zum zwingenden Gesetz zu machen, sodass Mutanten gezwungen sind öffentlich ihre Identität und ihre Fähigkeiten preiszugeben. Jean Grey und Charles Xavier sprechen sich dagegen aus und versuchen ihr Bestes den Kongress und die Menschen umzustimmen.

*Magneto beginnt derweil mit seinen Plänen die Machtverhältnisse zwischen Menschen und Mutanten zu ebnen oder in die Richtung der Mutanten zu kippen.

*Marie D'Ancanto, oder Rogue genannt, trifft auf Wolverine in Laughlin City, Alberta, Canada. Einem Ort, an dem Magneto versucht durch einige seiner Anhänger Rogue zu entführen, aber dank dem Eingreifen der X-Men scheitert.

*Senator Kelly wird von der Brotherhood entführt.

*Magneto testet seine Maschine an Senator Kelly um eine Mutation in seinen Genen, künstlich hervorzurufen und es gelingt ihm. Kelly zeigt erste Anzeichen einer Mutation und entkommt dadurch seiner Gefangenschaft, ohne das Magneto ihn aufhalten kann. Später stirbt er aber an der Instabilität der hervorgerufenen Mutation im Labor der Xavier School for the Gifted Youngsters.

*Mystique nutzt ihre Fähigkeiten, um Rogue nach einem katastrophalen Vorfall in der Schule aus dieser zu geleiten, während sie gleichzeitig Cerebro sabotiert und Charles Xavier für eine Weile in ein Koma versetzt, nachdem dieser Cerebro nutzen wollte, um Rogue zu finden. Der perfekte Zeitpunkt für Magneto diese aus einem Zug zu entführen und für seine Pläne zu nutzen.

*Die Staatsoberhäupter der Welt treffen sich für eine UN-Sitzung auf Ellis Island, nahe der Freiheitsstatue.

*Es kommt zwischen den X-Men und der Brotherhood zum Kampf auf Ellis Island, bei dem Magneto Rogues Fähigkeiten nutzt, um seine Maschine zu aktivieren, damit er nicht bei dem Versuch sein Leben lassen würde. Nur durch ein gewisses Maß an Teamwork, wird im letzten Moment das Schlimmste verhindert, Magneto festgenommen und Rouge durch Wolverine und der Übertragung seiner heilenden Fähigkeiten gerettet.

*Charles Xavier erwacht wieder aus seinem Koma

*Die entkommene Mystique nutzt ihren Platz als Senator Kelly dafür, all das wofür er gearbeitet hat, umzudrehen und nun offiziell gegen die Registration von Mutanten vorzugehen und sich öffentlich für Mutanten einzusetzen.

*Wolverine wird losgeschickt, um in der Militärbasis in der Nähe von Alkali Lake mehr über seine vergessene Vergangenheit zu erfahren.

*Magneto wird, in einer speziell von William Stryker für ihn entworfenen Plastikzelle festgehalten und für seine Strafen zur Rechenschaft gezogen.

*Kurt Wagner, auch genannt the Nightcrawler, schleicht sich ins weiße Haus und versucht den Präsidenten zu ermorden. Im letzten Moment wird er aber aufgehalten und hinterlässt Indizien, dass es sich um einen politisch motivierten Angriff handelt: Im Namen der Mutanten und der Bruderschaft.
Niemand weiß zu diesem Zeitpunkt, dass Kurt nicht aus freiem Willen gehandelt hatte, sondern von William Stryker, mit Hilfe seines Sohnes, kontrolliert wurde. William gewinnt aus seinem Sohn, der enorme telepathische Fähigkeiten hat, ein Serum, das es ihm erlaubt Mutanten gefügig zu machen.

*Der Angriff lässt in der Bevölkerung und der Politik die Debatte um den “Mutant Registration Act” wieder aufleben und erhält in Umfragen deutlich mehr Zuspruch, als noch ein Jahr zuvor.

*Colonel William Stryker trifft sich mit dem Präsidenten, um ein weiteres Vorgehen vorzuschlagen und seine eigenen, geheimen Pläne, weiter in die Tat umzusetzen. Dabei gibt er die unterirdischen Pläne der Schule für Mutanten preis und bringt den Präsidenten dazu ein, theoretisch, friedliches Eindringen in die Schule zu erlauben.
Das Wissen über das Xavier-Institut und vieles mehr erlangte der Colonel durch wiederholte Verhöre mit Magneto in dessen Zelle, auch wenn diese sicherlich nicht konform mit irgendwelchen Menschen- und Mutantenrechten waren. Auch hier nutzte er das Serum, welches er aus seinem Sohn Jason gewonn, um Magento dazu zu bringen ihm alles, gegen seinen Willen, zu verraten. Sogar das Geheimnis und die Funktion rund um Cerebro, den Charles Xavier und Magneto in der Vergangenheit zusammen gebaut hatten.

*Mystique schafft es, sich Zugang zu Strykers Computer zu beschaffen und erfährt von dessen Plänen rund um das nun eingestellte Projekt X und die neuen Pläne rund um Cerebro.

*Gleichzeitig erfährt Charles Xavier bei einem Besuch des Plastikgefängnisses von der Gefahr die von Stryker ausgeht und der Verbindung zu seinem Sohn Jason, der damals auf die Schule gegangen ist. Bevor er jedoch jemanden warnen kann, wird er durch das Auftreten von Lady Deathstryke gestoppt und entführt.

*Jean Grey und Storm suchen nach dem Attentäter, der es auf den Präsidenten abgesehen hatte und finden ihn schließlich in einer verlassenen Kirche irgendwo in Amerika. Nach einem kurzen Gespräch wird auch ihnen klar, dass Nightcrawler nicht aus freien Stücken gehandelt hatte und etwas weitaus Gefährlicheres vor sich geht, als sie vermuteten.

*Während die meisten X-Men nicht in der Schule sind, startet William Stryker seinen Angriff auf eben diese. Statt wie mit dem Präsidenten besprochen, geht er dabei weder ruhig noch ohne großes Aufsehen vor und nimmt so viele Mutanten gegen ihren Willen fest, wie er in die Hände bekommt. Dabei hat er nicht vor, diese ordentlich zu versorgen und nur nach dem Jet und den unterirdischen Räumen zu schauen, sondern lässt diese nach Alkali Lake und in seine unterirdische Militärbasis bringen.

*Mystique befreit Magento.

*William Stryker versucht Charles Xavier mit Hilfe der immensen Fähigkeiten seines Sohnes dazu zu bringen, nach allen Mutanten der Welt zu suchen und sich extrem auf diese zu konzentrieren. Dabei nutzt er seine Replikation von Cerebro, um Charles davon zu überzeugen alle Mutanten umzubringen, was durch die Maschine absolut eine Möglichkeit darstellte.

*Als Stryker abgelenkt wird durch das Eindringen der X-Men, sowie Magneto und Mystique, um Charles und die Mutanten zu retten, gelingt es Magneto sich Zugang zum Innenraum Cerebros zu beschaffen und damit zu Charles der immer noch unter dem Einfluss von Jason steckt. Sein Helm ermöglicht es ihm nicht von dessen Fähigkeiten betroffen zu sein. Ein Punkt, der es ihm und Mystique erlaubt, den Plan von Stryker umzudrehen: Ein radikaler Schachzug, um alle Menschen im Gegenzug umzubringen und seinem Traum, nach einer freien Welt für Mutanten, ein ganzes Stückchen näher zu kommen.

*Magnetos Plan wird vereitelt und die Basis, ein großer Staudamm, droht zusammenzustürzen. Bei der Flutwelle stirbt William Stryker und alle anderen entkommen der Basis. Jean Grey, die ihre Fähigkeiten nutzt um den X-Jet in die Lüfte zu befördern, wird allerdings ebenfalls von der Flut erwischt und gilt als tot.

*Trotz der Beweise, dass all das der Plan von Colonel William Stryker war und diese dem Präsidenten vorgelegt wurden, bleibt außer Frage, dass nicht nur Cerebro gefährlich ist, sondern auch Mutanten wie Magneto und ihre Anhänger.

→ Der Mutant Registration Act tritt nach kurzen Debatten in Kraft.

Trask Industries wird offiziell geschlossen, arbeitet aber im Geheimen weiter mit dem amerikanischen Militär zusammen. Besonders mit den Sentinel Services.

Sentinel Services wird ins Leben gerufen und gilt als Zweig des U.S. Department of Defense.
Ihre einzige Aufgabe ist das Durchsetzen des Gesetzes und festsetzen von all denen, die sich gegen dieses auflehnen. Dabei werden sie so gut wie nicht kontrolliert und haben einen enormen Spielraum im Auslegen der Gesetze und Verstöße von Mutanten, unterstützt durch den “Patriot Act”.

Madeline Garber arbeitet seit Jahren weiter an ihrer Forschung, um das X-Gen in ihren Patienten zu unterdrücken und ihnen ein normales Leben zu ermöglichen. Dabei spielen weniger altruistische Gründe mit, als sie im ersten Moment den Anschein macht. Madeline hält Mutanten für einen Fehler der Natur, weiß aber diese Einstellung als Professor an der Charlotte State University besser zu verstecken.
Die Sentinel Services allerdings nutzen diese Einstellung und ihr Wissen um sie heimlich für sie arbeiten zu lassen und ihre Experimente nicht nur mit Geld, sondern auch gefangenen Mutanten zu versorgen. Dies führt zur Entwicklung eines Medikamentes, das injiziert für einen kurzen Zeitraum Fähigkeiten tatsächlich unterdrücken kann, auch wenn die Dauer noch immer zu Wünschen übrig lässt. Nebenwirkungen scheinen dafür aber gering, bis nicht vorhanden zu sein.
Der Obere Stab der Sentinel Services hält diesen Durchbruch aber weiterhin unter Verschluss und hat seine eigenen Pläne damit.

Die ersten kleinen Gruppierungen der Purifiers entwickeln sich in Amerika, bestehen aber erstmal nur aus besorgten Bürgern und Menschen mit starken Anti-Mutanten Gefühlen. Sie bleiben aber alles in Allem erst einmal harmlos.

*Am 15.7. in Dallas, Texas kommt es bei einem friedlichen Protest für Mutanten Rechte zu einer Katastrophe. Bruderschaft Attentäter nutzten den Protest für einen Angriff, der durch den Eingriff einiger X-Men zwar gestoppt werden konnte, tausenden von Menschen und Mutanten aber das Leben kostete. Darunter war Grace Turner, die Tochter von Jayce Turner.

*Die X-Men beginnen in den eigenen Reihen mit Unruhen zu kämpfen und sind immer weiter den Meinungen der Bevölkerung ausgesetzt. Jungen Mutanten zu helfen scheint aussichtslos, weil all die Aufmerksamkeit auf ihnen liegt und der politische und ethische Kampf gegen des Registrations Gesetz, sowie deren ausführenden Organe in der Polizei, kein Ende zu nehmen scheint und immer mehr Druck ausübt.

*Dr. Roderick Campbell muss seinem Bruder dabei zusehen wie er langsam an cystic fibrosis stirbt und schwört sich selber alles erdenkliche zu tun, um Mutationen in der Menschheit komplett auszurotten inklusive des X-Gens. Dabei nimmt er die Arbeit in und um Trask Industries auf und hat einige Kontakte nach Washington, die ihm einiges an Freiraum in seiner Forschung bieten.
Dabei hat er besonderes Interesse an dem 'Fenris' Phänomen, das besonders in Geschwistern mit dem X-Gen aufzutreten scheint, konzentriert sich aber ebenfalls darauf, den Sentinel Services Waffen im Kampf gegen die Mutanten in die Hand zugeben. Darunter fallen offensichtliche Dinge wie die spinnenartigen Sentinel Roboter und die Kräfte unterdrückenden Halsbänder, aber auch das Hound Programm wird geboren. Ein Programm in dem Mutanten durch die Droge Kick so lange versorgt werden, bis sie komplett abhängig sind und alles tun würden, um die nächste Dosis zu erhalten. Neben der hoch gefährlichen Abhängigkeit, die die Droge ausübt, verstärkt sie ebenso die Fähigkeiten desjenigen, der sie einnimmt und macht diese in ihrer manipulierten Form nur noch gefährlicher für jeden, der sich ihnen in den Weg stellt.

Bei einem großen Streit um Moral, ihre ethischen Aufgaben und Stellungen gegen und mit der US-Regierung, kommt es zum Eklat und die X-Men gehen fürs Erste getrennter Wege. Die Schule wird geschlossen. Charles Xavier bittet John Proudstar darum, den Mutant Unterground zu gründen und als Anführer zu fungieren, bis er wieder alles zurecht rücken kann.

Die X-Men sind nun fast ein Jahr verschwunden und in alle Himmelsrichtungen verteilt. John Proudstar versucht sein Bestes im Aufbau des Mutant Underground und schaffte es ein halbwegs stabiles Netz an Helfern und sicheren Häusern und Unterschlüpfen aufzubauen. Die schlimmer werdende Aggressivität der Sentinel Services, das Scheitern von Demonstrationen und Mutantenrechts-Aktivisten in Washington, machen ihm das Ganze aber nicht gerade einfach.
Ebenso wird vermehrt nach untergetauchten Mutanten gesucht. Nicht allein wegen des Registrierungsgesetzes, sondern auch den Gerüchten über die Bruderschaft und mögliche neue Attentate, die die Runde machen.

Miniplot: Comfortable with violence
Manhattan, New York. Ein Teil des Inner Circles des Hellfire Clubs bricht in den Bank of America Tower ein, um wichtige Dokumente über die Sentinel Services zu stehlen. Dabei werden sie von einem unerwartet hohen Aufgebot an Sicherheitsmaßnahmen überrascht und können nur gerade so entkommen. Gleichzeitig ist die Beute nicht so ergiebig, wie sie gehofft hatten und beschränkt sich nur auf einen kleinen Teil an Informationen über das Hound Programm. Es scheint als hätten die Sentinel Services einen ausgeklügelten Plan, um ihre vertraulichsten Informationen zu schützen.

Miniplot: Blood in the water
Manhattan, New York. Mitternacht und damit der Anbruch eines neuen Jahres und der alljährliche Ball Drop am Times Square nahen als das Chaos ausbricht. Ein Terroranschlag der Bruderschaft der Mutanten fordert einige Leben und versetzt nicht nur New York, sondern ganz Amerika in Schrecken, während die Sentinel Services härteres Durchgreifen gegen Gesetzesverletzungen ankündigen.

Miniplot: Arm yourself, a storm is coming
Professor X ruft einige der X-Men zusammen, um zu beraten wie es mit ihnen weitergehen soll nach dieser einjährigen Pause. Da eine Reunion als zu gefährlich gilt, einigen sie sich darauf vorerst die Schule für Schutzsuchende wieder zu eröffnen.

Miniplot: Damaged tommorow
Eine wütende Menschenmenge versammelt sich vor einem Obdachlosenheim, welches unter anderem auch Mutanten Obdach gibt. Wütende Schilder werden in die Höhe gereckt und Parolen gebrüllt von Purifiern als die ersten Molotovs fliegen. Das Obdachlosenheim wird in Brand gestreckt und mehrere Menschen und Mutanten werden verletzt, während die Feuerwehr gerade so einen Großbrand verhindern kann. Die ankommende Polizei nimmt alle Beteiligten fest, welche nicht rechtzeitig fliehen konnten.

In Manhattan's ganz eigenem Plaza Hotel findet am 23. Januar eine Wohltätigkeitsfeier in Form eines Maskenballs statt, an welchem Spenden für die Opfer des Purifier-Anschlags auf die Obdachlosen-Unterkunft in Brooklyn gesammelt werden. Die Creme de la Creme New Yorks präsentiert sich an diesem Abend in viel zu teuren Kleidern und Anzügen und hinter Masken versteckt um ihr öffentliches Image zu verbessern, denn auch Journalisten sind hier als Gäste vertreten. Um Mitternacht kommen die Masken ab und die gesamthaft gesammelten Spenden in Höhe von 2,3 Millionen US Dollar werden verkündet. Das Event ist nur für geladene Gäste und ihr Plus-One zugänglich.

Trotz der Unruhen und sich häufenden Demonstrationen von und gegen Mutanten entscheiden sich die Vorsitzenden von New York das alljährliche Mardi Gras dennoch zu feiern. Entlang der William Street findet eine große Parade statt mit allem, was man sich bei einem bunten Umzug vorstellen kann. Groß und Klein. Mutanten und Menschen die gemeinsam feiern. Etwas was es so schon lange nicht mehr gab. Zwar leben die Mutanten immer noch unerkannt unter den Menschen, doch es ist dennoch schön ohne weitere Unruhen gemeinsam zu feiern!

Ein gemeinsamer Auftrag führt Silas und Zasha, zwei Detectives die als unentdeckte Mutanten bei der Polizei arbeiten, bei einer Gruppe Mutanten eingeschleust. Was darauf hinausläuft, dass beide, damit sie nicht auffliegen, Drogen probieren müssen, die Mutantenfähigkeiten aufpusht und sie erstmal gemeinsam durch diesen Tripp müssen, bevor sie ihre Arbeit fortsetzen können.

Bei einem Auflug von den beiden Archangel Mitglieder Jonghyuk und Ryeok passiert ein Unfall und eine Glasplatte bricht über die Köpfe der Menschen herein. Reflexartig setzt Ryeok seine Fähigkeit ein um die Menschen zu retten. Nur outet er damit als Mutant. Eine Sache die nicht nur gedanklich Ryeok beschäftigt, sondern bald auch anderweitig zu Problemen führen wird.

Als wäre es nicht schon schlimm genug, dass sich Ryeok als Mutant geoutet hat. Jetzt wurden auch noch alle anderen seiner Gruppe in ein Krankenhauszimmer gesperrt und Test an ihnen durchgeführt um zu checken wer von ihnen Mutant ist. Wie sich herausstellt, ist es nicht nur Ryeok. sondern auch Daesung und Hyonjun. Die Gemüter sind verstimmt und die Meinungen darüber sind in zwei geteilt. Ob diese Offenbarung innerhalb der Gruppe die Trennung von Archangel besiegelt? Oder schweißt es sie nur noch mehr zusammen?